1. Configuration de l’environnement virtuel#

L’installation du système se fait en utilisant un environnement virtuel python, permettant en particulier l’utilisation d’un interpérteur python plus récent que l’interpréteur du système.

Système utilisé: La version actuelle est installé sur une debian 10.0 utilisant par défaut un interpéreteur python 3.7. Elle a aussi été testée sur un système Ubuntu 10.0 avec une version python3.8

1.1. Configuration (sous root)#

Vérifier que vous avez bien le gestionnaire de paquet python pip3

apt install python3-pip

Installer le gestionnaire d’environnement virtuel soit virtualenv (sur debian 10)

apt install virtualenv

soit venvs (à préférer sur les nouveaux systèmes)

pip3 install venv

Choisir un répertoire d’installation venvs par défaut

/var/lib/jupyterhub/venvs

1.2. installation d’une version récente de python3 (3.9.13)#

La compilation de python nécéssite les paquets dev suivants, en plus d’un serveur apache2, d’un environnement TeX LaTex, pandoc, blas, openblas, gcc g++ , apache2 et fish

apt-get upgrade
apt-get install apache2-dev
apt-get install fish
apt-get install libbz2-dev libbz2-1.0
apt-get install libsqlite3-dev sqlite3
apt-get install liblzma-dev
apt-get install libreadline-dev
dpkg --remove libapache2-mod-wsgi-py3

Télécharger la version de Python (dernière version Python 3.9.13) sur:

La décompresser sous le répertoire venvs, p.e dans Python-3.9.13 et compiler la version avec

cd Python-3.9.13
./configure --enable-optimizations --enable-shared
make clean
make -j 5
make altinstall

1.3. création de l’environnement virtuel sous venvs#

Le nom par défaut est py3, que l’on crée avec la commande (avec option de mise a jour de l’enterpréteur)

/usr/local/bin/python3.9 -m venv --upgrade  py3

On active ensuite systèmatiquement cet environnement avec

source /var/lib/jupyterhub/venvs/py3/bin/activate

on peut créer un alias: p.e.

alias venv="source /var/lib/jupyterhub/venvs/py3/bin/activate"

Indication

par défaut le nom de l’environnement virtuel apparait entre () dans le prompt lorsqu’il est activé.

1.3.1. installation de jupyter et des bibliothéques applicatives#

on installe ensuite jupyter, jupyterhub, nbgrader, jupyterlab ainsi que les bibliothéques python avec pip3.

Une liste des bibliothéques utilisées se trouve dans le fichier: requirements_install.txt (à adapter suivant les besoins), que l’on installe alors avec

pip3 install -r requirements_install.txt

Certains paquets doivent être téléchargés et installés manuellement (on les place sous venvs/src), p.e. scikits-odes (à partir de bmcage/odes

cd odes
python3 setup.py build
python3 setup.py install

ou xfoil.

Pour torch (bibliothéque d’IA)

pip3 install torch torchvision torchaudio --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cpu

1.3.2. installation des bibliothéques de validation#

dans venvs/src installer la dernière version de la bibliothéque de validation avec git.

validation (dernière version)

git clone git@forge.univ-lyon1.fr:nbgrader/validation_cours.git
cd validation_cours
python3 setup.py build
python3 setup.py install